Dirac, el nuevo cluster del DF@UBA

Hace menos de un mes Roberto Dhios, el SysAdmin del Departamento de Física de la Universidad de Buenos Aires (DF@UBA), nos contaba que el nuevo cluster Dirac estaba completamente operativo luego de un proceso de instalación que empezó aproximadamente en junio de este año.

El equipo son 30 Dell Poweredge R720xd recibidos como donación. Los nodos se dividen en:

  • 19 nodos de cálculo con dos Intel Xeon E5-2670v1 con 64 GiB de RAM.
  • 6 nodos de cálculo con las mismas pastillas, pero el doble de memoria: 128 GiB de RAM.
  • 4 nodos de almacenamiento con 2*E5-2670v1 y 64 GiB de RAM, para mantener un /scratch de 149 TiB.
  • 1 headnode también con 2*E5-2670v1 y 64 GiB de RAM manteniendo el /home de 30 TiB.

El conjuto totaliza 400 núcleos de cálculo y una potencia pico teórica de 8.32 TFLOPS, a razón de 166.4 GFLOPS por pastilla E5-2670v1.
El equipo ya está incorporado al Monitor de Clusters Argentinos que el CCAD-UNC mantiene.

Respecto al software es OpenHPC 1.3.5 (CentOS 7) con SLURM y BeeGFS para el scratch.

Resultados IPAC 3

El pasado 20 de septiembre se conoció el resultado del tercer llamado a los IPAC.

Los proyectos PADS seleccionados que corren en TUPAC por 1.000.000 de hs/core fueron:

  • Fabio Busnengo, Simulación computacional de propiedades electrónicas y magnéticas, y reactivad de especies metálicas y organometálicas soportadas sobre superficies.
  • Cecilia Scannapieco, Acreción de gas y su impacto en la formación del disco galáctico.
  • Marta Ferraro, Simulaciones computacionales de conexinas en membrana: identificación de blancos moleculares.

Para los proyectos PDC de hasta 500.000 hs/core los seleccionados fueron:

  • Claudia Tomes, Dinámica del poro de fusión: una descripción in-silico-experimental para nuevas estrategias terapéuticas. Correrá en CAB-CNEA.
  • Oscar Reula, Electrodinámica force-free: Magnetosferas de Objetos Astrofísicos Compactos. Correrá en CIMEC-UNL.
  • María Laura Fernández, Simulación computacional de membranas biológicas expuestas a campos eléctricos. Estudio de los mecanismos moleculares que participan de la formación de poros transitorios durante el proceso de electroporación. Correrá en CCAD-UNR.
  • Claudio Cavasotto, Efectos de hidratación en la interacción proteína-ligando: simulaciones con métodos clásicos y cuánticos. Correrá en CCAD-UNC, en nuestra Mendieta.
  • Darío Mitnik, Cálculo de procesos colisionales con aplicación en el diagnóstico de plasmas astrofisicos y de fusión. Correrá en CCAD-UNR.
  • Sergio A. Elaskar, Simulaciones numéricas de explosiones y detonaciones. Correrá en CECAR-UBA.

Resolución e Informe

RS-2018-46637478-APN-SECACT-MECCYT

IF-2018-45075784-APN-DNPRF-MECCYT

“De 0 a CCAD en 90 minutos” y Reunión de Usuarios

El miércoles 3 de octubre de 9:00 a 18:00hs en el Aula 5 del Edificio del Campus PLM en la FCEyN (mapa), se realizará el Encuentro Anual de Usuarios y anteriormente tendremos cursos introductorios al uso de los equipos del CCAD.

El programa de actividades es el siguiente:
09:00-10:30 – "De 0 al CCAD en 90 minutos", por el Lic. Marcos Mazzini [Slides]
11:00-12:00 – "Bash: uso cotidiano y trucos", por el Lic. Marcos Mazzini [Slides]
14:00-18:00 – Reunión abierta de Usuarios de CCAD.

Cursos

Los dos cursos que se darán, tienen como objetivo que cualquier persona que tenga alguna necesidad de cómputo, pueda saber como utilizar los recursos del CCAD.

La introducción será desde cero, pensado en un usuario típico que corre en su máquina local con interactivdad gráfica.

Desde ahí el Lic. Mazzini lo llevará a logueo remoto, uso de colas, ejecución en equipamiento de gran porte y obtención de los resultados. El segundo curso será un día a día con el uso de la línea de comados, es también apto para quienes ya saben algo.

Reunión Abierta de Usuarios del CCAD

Luego del almuerzo, en la reunión de usuarios, se informará sobre el estado actual del CCAD, uso de equipos y nuevas
adquisiciones.

También diferentes usuarios presentarán en charlas cortas los usos y métodos que utilizan. La idea es compartir las
experiencias y trucos haciendo hincapié en las soluciones a problemas comunes en diferentes disciplinas.

Listado de charlas:

Milagro Teruel
Título: "Redes con Atención para PLN" [Slides]
Software: Keras/Tensorflow
Grupo: Grupo de Procesamiento del Lenguaje Natural, FAMAF

Carla Rosetti, Ubeiden Cifuente
Título: "Modelando membranas con gromacs, gaussian, sudor y lágrimas" [Slides]
Software: Gromacs, y Gaussian 09
Grupo: Grupo de biofísica del Departamento de Química Biológica, FCQ.

Nicolás Jares
Título: "Paralelización de búsqueda de rutas en grafos"
Software: C++, OpenMP
Grupo: GANyC, Grupo de Análisis Numérico y Computación, FAMAF

Carlos Mauricio Correa, Dante Paz
Título: "Paralelizando cadenas de Markov y una integral compleja para ajustar los parámetros de un modelo cosmológico" [Slides]
Software: Fortran 90, OpenMP
Grupo: IATE-OAC

Carlos Dario Graña, Dante Paz, Federico Stasyszyn
Título: "Gadget, apolicaciones y magias sobre el SMT" [Slides]
Software: MPI, OpenMP, FFTW
Grupo: IATE-OAC

Marcelo Puiatti
Título: "¿De dónde venimos? ¿Quiénes somos? ¿Adónde vamos? – Aplicaciones de QM en Qca. Orgánica con g09"
Software: Gaussian09
Grupo: Síntesis Orgánica Asistida por Modelado Molecular, INFIQC

Sergio Elaskar
Título: "Modelización numérica de problemas de flujos compresibles y plasmas astrofísicos en ingeniería aeronáutica y aeroespacial" [Slides]
Software: OpenFOAM
Grupo: Aeronáutica, FCEyN

#MeGusta en el CCAD-UNC

Andrés Oliva en su programa #MeGusta que se emite por Canal U de la Universidad Nacional de Córdoba, visitó las instalaciones del CCAD-UNC dentro del Datacenter de la PSI.

Los entrevistados fueron el Director del CCAD, el Dr. Oscar Reula, el CPA de CONICET, Lic. Marcos Mazzini y el miembro del CCAD por FaMAF, el Dr. Nicolás Wolovick. En el programa habló de los inicios del CCAD, el equipamiento con el que cuenta y la situación de la Supercomputación en Argentina respecto a otros paises de PBI similar. También se mostró como trabajamos en generación de demanda de HPC donde tal vez la computadora Nabucodonosor es un de los ejemplos más claros.

El programa se emitió el día 27 de agosto a las 23hs por Canal 5 de la Televisión Digital y por los canales 31.2 y 30.2 de la TDA.
[Video completo]
Agradecemos a Andrés y a todo el equipo de Canal U por el excelente trabajo realizado.

Préstamo de redes Inifiband al IFIR y CAB

El CCAD-UNC recibió a principios de 2018 una donación de equipamiento de conectividad Infiniband de parte del centro de desarrollo de software de McAfee en Córdoba e Intel Software de Argentina. Un subconjunto de este equipamiento se está utilizando actualmente en los equipos del CCAD (Mendieta, Eulogia, Mulatona).

Para que el sistema científico nacional aproveche al máximo estos equipos, contactamos a investigadores del CAB (Bariloche) y del IFIR (Rosario) para saber si estaban interesados en obtener a préstamo switches, placas y cableado Infiniband de 20 Gbps. En menos de una semana el Dr. Ezequiel Ferrero de CAB primero y luego el Dr. Fabio Busnengo del IFIR, se hicieron presentes en Córdoba para buscar los equipos que ya están en sus respectivas instituciones. Estos equipos servirán para aumentar la conectividad de sus clusters y poder asi agregar potencia de cálculo de sus nodos para problemas fuertemente acoplados.

Agradecemos la nota del IFIR-CONICET sobre esta colaboración.

Nodo de ML+GPU en SemanaTIC

El pasado 15 de agosto dentro de la SemanaTIC, el Dr. Oscar Reula director del CCAD-UNC presentó la iniciativa del server para Machine Learning Nabucodonosor. En la mesa redonda también participaron la Dra. Mirta Iriondo, Decana de la FaMAF y el Ing. Diego Casalli, presidente del Córdoba Technology Cluster.

La presentación de Oscar Reula mostró el proceso de construcción de la computadora colaborativa, mientras que David Gonzalez de EMSER, mostró como utilizó esta herramienta para potenciar sus negocios.

La colaboración con el Córdoba Technology Cluster, la FaMAF y otras empresas del medio local como Apex América y Mercado Libre, continua potenciando en la temática de Machine Learning a todos los actores involucrados.

Headnode para Eulogia y Mulatona

Ya está funcionando en headnode de los Clusters del CCAD que se aprovisionan con Ansible.

La cabecera de Eulogia y Mulatona ahora es un Intel Xeon Silver 4108 de 8 núcleos y 24 GiB de RAM DDR4. Está montado sobre una placa Supermicro X11SPi-TF y el almacenamiento es un SSD Intel de 256 GiB conectado por PCIe 3.0 4x via conector M.2.

El software de base es CentOS 7.5 y se virtualizan dos servidores. Gracias a que Skylake Xeon provee de extensiones AVX-512, la cabecera para Eulogia se reporta como Skylake para usar el AVX-512 que comparte con los Xeon Phi 7210. La cabecera para Mulatona se reporta como Broadwell para producir código compatible con los Xeon E5-2683v4. Destacamos que es una solución de software muy particular para distribuir el costo de la cabecera en dos clusters.

Gracias a este pequeño server se pudo liberar un nodo de Eulogia y uno de Mulatona. Eso implica un aumento de la capacidad de cómputo de aproximadamente 10% respecto a como se estaba utilizando y permite utilizar a pleno los 12 nodos de Eulogia y los 7 de Mulatona.

Mulatona el nuevo cluster del IATE en CCAD

Ya está disponible para su uso el Cluster Mulatona que pertenece al IATE y es la primera experiencia en alojar un cluster en el CCAD con usufructo de ambas partes.

El IATE adquirió, a través de un subsidio PICT-E dirigido por el Dr. Mario Abadi, 7 nodos de cómputo pelados, sin almacenamiento, sin conectividad, sin rack, sin refrigeración. Todo lo necesario para poner a funcionar los 14 procesadores Intel Xeon E5-2683v4 en los 7 módulos de 1U fue provisto por el CCAD y esto incluye la infraestructura que da el Data Center de la PSI, 7 placas Infiniband, sus cables, switch y headnode, además del servidor de almacenamiento con capacidad de 40 TiB.

La política de uso convenida implica prioridad a los trabajos del IATE, y el tiempo libre de los nodos estarán disponibles para los usuarios del CCAD-UNC.

Desde el CCAD apostamos a esta forma colaborativa a fin de maximizar el uso de los exiguos fondos con los que actualmente dispone el Sistema de Ciencia y Tecnología de Argentina.

Nabucodonosor en UNC Comunica

En el programa "UNC Comunica" de Canal U el periodista Gino Maffini estuvo indagando sobre la Computadora Nabuconodosor para Aprendizaje Automático, con entrevistas a Nahuel Di Paolo el Vicepresidente del Córdoba Technology Cluster; Alejandro Gustowsky, técnico del Área de Electrónica de FaMAF y a Nicolás Wolovick, miembro del CCAD-UNC.

Clip del video

[Video completo en alta calidad]

Inauguración del UNC Data Center

El pasado 6 de junio, se inauguraron cuatro obras importantes en Ciudad Universitara con motivo del Centenario de la Reforma Universitaria. En este acto estuvieron importantes autoridades como el Gobernador de la Provincia de Córdoba Juan Schiaretti y la Secretaria de Políticas Universitarias de la Nación Danya Tavella.

Uno de las obras inauguradas fue el UNC Data Center, que ya cuenta con el fin de obra en la parte civil, y cuando esté completado en su equipamiento interno proveerá de espacio y condiciones necesarias para alojar supercomputadoras de gran porte.

El Director del CCAD, Oscar Reula, se refirió a la importancia de la obra.

Mientras que el Rector de la UNC, Hugo Juri, invitó a su par el Gobernador de Córdoba a aunar esfuerzos para obtener una computadora importante para la UNC y la Provincia.

[Actualización]

Vista 360 grados del UNC Data Center por dentro. La obra de infraestructura ya se encuentra licitada y se estima que se completará durante este año.