Llamado a IPAC 3

Se encuentra abierta la convocatoria IPAC del Sistema Nacional de Computación de Alto Desempeño (SNCAD) que otorgará:

  •  Tres (3) Proyectos de Avances Decisivos con Supercómputo (PADS), de 1.000.000 de horas de CPU cada uno en TUPAC, la computadora de alto desempeño del Centro de Simulación Computacional para Aplicaciones Tecnológicas (CSC-CONICET, http://www.csc-conicet.gob.ar).
  • Un mínimo de seis (6) Proyectos De Cálculo (PDC), de entre 300.000 y 500.000 horas de CPU cada uno en los centros del SNCAD. Los PDC otorgados se distribuirán entre los diferentes centros integrales adheridos en base a los requerimientos técnicos de cada proyecto y a la disponibilidad de horas de cómputo de cada centro.

Los proyectos deberán utilizar las horas otorgadas en el plazo de un año a contar desde la fecha de adjudicación del proyecto mediante el acto administrativo correspondiente.

Las especificaciones de los centros integrales adheridos al SNCAD se encuentran disponibles en: http://www.supercalculo.mincyt.gob.ar/mapa.php.

Todas las presentaciones deberán hacerse en formato PDF. Para poder presentar un proyecto se requiere estar registrado como usuario en el Sistema de Gestión de Turnos (http://sistemasnacionales.mincyt.gob.ar/gestion_turnos.php). Por consultas sobre cómo registrarse se puede consultar la Guía adjunta.

Para más información: Bases IPAC 3, Guia IPAC 3.

Fecha límite: 8 de junio de 2018 a las 16 horas

Por consultas escribir a: sncad@mincyt.gob.ar

Entrevista a Diego Masone, usuario IPAC2

En 3 de octubre del año pasado la Iniciativa de Proyectos Acelerados de Cálculo (IPAC) del SNCAD asignó al Dr. Diego Masone (IHEM-CONICET) un PDC para el proyecto "El complejo asimétrico HSPB6/14-3-3: hacia el diseño in silico de drogas". Este PDC fue localizado en el CCAD-UNC dentro del Cluster Mendieta.
Diego ha utilizado un total de 719564 horas/core hasta ahora, que si lo normalizamos con el SMT-4 que utilizan los KNC, tenemos un valor un poco más realista de 179891 horas/core.

CCAD: Hola Diego. Contanos como y con quién te formaste, y en que estás trabajando ahora.

Soy Ingeniero Electrónico de la Universidad Nacional de Mar del Plata, cuando me recibí tuve una beca Erasmus Mundus de la Comunidad Europea por dos años  y estudié Telecomunicaciones en el Politecnico di Torino en Italia y en la Universitat Politecnica de Catalunya en Barcelona. El doctorado lo hice en el Centro Nacional de Supercomputación de Barcelona (BSC) que en ese momento tenía la octava supercomputadora más grande del mundo. Tuve la suerte de trabajar en un lugar de excelencia, en un grupo que dirigía un científico de primera línea, el Dr. Victor Guallar, que fue mi director de tesis.

En 2012 volví a Argentina repatriado con mi esposa y mis hijas catalanas. Ahora trabajo en el IHEM de la UNCuyo, en Mendoza, en un grupo que dirige otro científico excelente, el Dr. Diego Bustos, con quien tenemos muy buenos proyectos que combinan los mundos experimental y computacional en el Laboratorio de Integración de Señales Celulares.

CCAD: ¿Podrás dar una idea general de que estás buscando a con este IPAC-PDC?

 

Estoy estudiando un complejo proteína-proteína muy particular. Se trata de una asociación asimétrica entre dos proteínas (14-3-3σ y HSPB6) que sabemos es responsable de la replicación del ADN y transformación celular maligna. Este complejo de proteínas contiene una región desordenada que no toma una estructura tridimensional determinada y por lo tanto es muy difícil de estudiar por métodos experimentales. Por ello, por medio de simulaciones computacionales buscamos poder entender cómo estas dos proteínas se asocian y de esta forma convertirlas en un nuevo blanco para el diseño de drogas.

CCAD: ¿Qué software usás?
Uso GROMACS que paraleliza muy bien en GPU y corre magníficamente en XeonPhi desde la versión 5.0.7 (octubre 2015). Utilizamos también PLUMED, un plug-in excepcional que se compila sobre GROMACS y que permite implementar funciones más complejas en las simulaciones de dinámica molecular que hacemos.

CCAD: ¿Cómo fue tu experiencia respecto al uso del Cluster Medieta?
¡Excelente! Tuve toda la ayuda que necesité para compilar el código, siempre me respondieron los correos y me indicaron cómo solucionar los problemas iniciales de instalación con las librerías y los módulos. Mayormente utilizo los XeonPhi que corren muy bien y eventualmente alguna GPU. No uso CPU porque el rendimiento en tiempo de simulación por día y por procesador es muy bajo en comparación.

CCAD: Según ví estás corriendo en las XeonPhi KNC (tarjetas aceleradoras) que tienen los nodos de Mendieta. ¿Qué notás de diferencia entre los CPUs comunes y estas many-integrated-core de Intel y las GPUs de NVIDIA?
Las pruebas de rendimiento que hice con un sistema de unos 90.000 átomos me dan 1.44ns/día en 1 GPU, 2.82ns/día en 2 GPU y 1.56ns/día en una XeonPhi. En cambio con 8 cores CPU rinde menos de 0.5ns/día. Por eso uso las tarjetas XeonPhi y las GPU. Pienso que la elección del CCAD de instalar tarjetas XeonPhi y GPUs es muy acertada. Para el caso de GROMACS pienso que es obsoleto correrlo en CPU, sus desarrolladores han invertido muchísimo esfuerzo en optimizarlo para GPU.

CCAD: ¿Probaste en Eulogia y sus KNL?
Sí, por ahora sólo hice pruebas de rendimiento. Pienso que han hecho muy bien en instalar una máquina exclusivamente basada en la arquitectura XeonPhi. Sería magnífico poder escalar en múltiples XeonPhi como en GPU, si la comunicación entre las tarjetas es suficientemente rápida.

CCAD: ¿Ya tenés resultados concretos del uso de las máquinas del CCAD?
Sí, tenemos resultados preliminares que se van a convertir en otro artículo en breve. Nuestro paper más reciente desarrolló la base para el estudio de las interacciones entre proteínas y biomembranas, puede verse en este enlace y lleva en los agradecimientos la mención al CCAD.
Tenemos un colaborador en Moscú que se ocupa de la parte experimental de las proteínas (hace cristalografia de rayos X y SAXS) que nos ha provisto de información todavía en "embargo", es decir, que se ha publicado pero sólo quien la publicó tienen acceso a las estructuras.

CCAD: Pensando un poco en el futuro ¿Qué harías con una máquina más grande, mucho más grande?
Yo opino que la supercomputación va a abarcar cada vez más disciplinas científicas y que con máquinas cada vez más potentes vamos a poder resolver cada vez más problemas. En 2002 se publicó el libro “A New Kind of Science” de Stephen Wolfram (un genio que se Doctoró en Física de Partículas a los 20 años, en CALTECH, con un tribunal de tesis que incluía nada menos que a Richard Feynman). Stephen Wolfram además de ser el creador del software Mathematica, tuvo la capacidad de ver, hace más de 25 años, que los problemas de la física y la biología podían resolverse muy adecuadamente por medios computacionales y que las simulaciones numéricas eventualmente abarcarían muchas áreas del conocimiento. No es casualidad que los países más avanzados tengan también las supercomputadoras más grandes.

CCAD: Si querés agregar algo mas, adelante.
¡Sólo agradecer! Me han tratado muy bien en el CCAD y me han ayudado siempre que me ha hecho falta.

CCAD: Diego, muchas gracias por tu tiempo.
Gracias a ustedes.

CCAD en “Ciudad U”

El miércoles 25 de abril a las 14:40, el Director del CCAD, Oscar Reula y el representante por FaMAF en el CCAD, Nicolás Wolovick, estuvieron en vivo en el programa "Ciudad U" que se emite por la señal Canal U de los Servicios de Radio y Televisión de la Universidad Nacional de Córdoba.

Durante 10 minutos Miguel Planells y Fernanda Gonzalez, estuvieron hablando con los representantes del CCAD-UNC sobre la computadora para ML, Nabuconodosor, además de los servicios que brinda nuestro Centro y cuales son las perspectivas de crecimiento.

Agradecemos al canal universitario por la invitación que nos permite difundir el trabajo que realizamos.

Concurso para mural sobre el UNC Datacenter

El Departamento Académico de Artes Visuales de la Facultad de Artes en convenio con la Subsecretaría de Planeamiento Físico de la UNC, convocan a alumnos y egresados de toda la UNC de los últimos 7 años a presentar propuestas para el Concurso mural "La Reforma Universitaria: Una mirada al futuro".

El mural se realizará en las paredes laterales del UNC Datacenter que se está construyendo en lo que se conocía como "El Bosquecito".

Las bases y condiciones, asi como el plano de ubicacion y las dimensiones del muro, ya se encuentran disponibles.

La convocatoria cierra el lunes 7 de mayo.

 

Seminario “Conociendo a Eulogia”

El 21 de marzo pasado Eulogia pasó de estado $\beta$ a producción, y desde ese entonces sigue en utilización plena.

Para comentar los aspectos técnicos de la nueva arquitectura utilizada en los nodos, el Lic. Carlos Bederián, Secretario Técnico del CCAD-UNC, dará el seminario "Conociendo a Eulogia".

En este seminario se hablará de los aspectos sobresalientes de este cluster y su arquitectura KNL, que resulta diferente a lo que se ha venido utilizando en el CCAD, es decir CPUs y GPUs. Se repasará su diseño interno de 64 núcleos en 32 grupos de 2 cores, su SMT-4, su caché MCDRAM de 16 GB, y sus unidades vectoriales anchas de 512 bits. También se discutirá como compilar y ejecutar para optimizar el uso de esta arquitectura.

La entrada es libre y la charla se realizará en la Oficina de Vinculación Tecnológica de la FaMAF, el día miércoles 25 de abril a las 14hs.

[Actualización]

Al seminario de 2 hs de duración asistieron alrededor de 30 personas.

Los slides de la presentación.

Introducción a la línea de comandos BASH – Linux

El CPA del CCAD-UNC, el Lic. Marcos Mazzini dará un curso "Introducción a la línea de comandos BASH – Linux" para quienes quieran una introducción a la Command Line Interface de Linux, la puerta de entrada a nuestros Clusters de Alto Desempeño.

El formulario de inscripción ya está disponible.

Módulo 1: Jueves 26/04 – 10hs.

Duración: 1 hora
En este módulo esta orientado a quines tuvieron poco o ningún contacto con la línea de comandos. Se presentarán los conceptos básicos para familiarizar a los usuarios con el entorno.
El temario incluye:

  •  concepto de terminal
  •  el prompt
  •  el comando, argumentos
  •  comandos básicos
  •  el history
  •  como obtener ayuda
  •  usuarios y permisos
  •  acceso remoto con ssh y mecanismo de clave pública/privada

Módulo 2: Jueves 3/05 – 10hs.

Duración: 2 horas
Está módulo está orientado a quienes ya tuvieron un contacto con la línea de comandos y requieren utilizarla cotidianamente.
Se verán los siguientes temas:

  •   el path, las variables de entorno y los modulos
  •   personalización con .bashrc
  •   los procesos
  •   redireccion de E/S "<", ">" y pipes " | "
  •   ejecución en segundo plano (no interactiva)
  •   comandos útiles y trucos comunes

[Actualización]

Hubo un total de 85 inscriptos de los cuales asistieron alrededor de 40 a la primera clase.

Slides Clase 1

Slides Clase 2

McAfee e Intel donan redes de alta velocidad

El centro de desarrollo de software de McAfee en Córdoba e Intel Software de Argentina, realizaron la donación de equipo de conectividad de alta velocidad y baja latencia compatible con el estándar Infiniband. El equipamiento donado consiste en:

  • 2 switches Infiniband Flextronics F-X430066, 8 puertos SDR (10 Gbps) conector CX4.
  • 1 switch Infiniband Flextronics F-X430044, 24 puertos DDR (20 Gbps) conector CX4.
  • 1 switch Inifiniban Flextronics F-X430073, modular de 12 ranuras de 12 puertos DDR (20 Gbps) cada una, conector CX4, 24 puertos.
  • 3 cables SFP de 10 Gbps.
  • 24 cables CX4 de 20 Gbps.
  • 25 cables QSFP de 40 Gbps.
  • 2 cables mixtos.
  • 45 placas PCIe IB SDR conector CX4.
  • 3 placas PCIe IB DDR conector CX4 dual.
  • 12 placas PCIe IB QDR conector QSFP dual.

Este valioso equipamiento servirá para dar mejor conectividad a los clusters del CCAD.

Nuevo datacenter de la UNC

Se está construyendo el datacenter de la UNC en el lugar conocido como "El Bosquecito" al lado de la Facultad de Ciencias Sociales y la Facultad de Comunicación.

El datacenter servirá para alojar servidores de la PSI y el CCAD. Será un edificio de una sola planta especialmente construido para este propósito, con aproximadamente 140 m² de superficie interior para racks, piso técnico de más de 1 mt de altura y superficie en el techo para la refrigeración. Respecto a la instalación eléctrica se preveen 100 KW para la PSI y 66 KW para el CCAD alimentando equipos de cómputo que para un PUE de 1.4 implica un total de 232 KW de potencia eléctrica. El datacenter contará con sistema de detección de incendios y supresión por agentes químicos.

Esta construcción donde caben aproximadamente 60 racks, admite la instalación de Grandes Equipos de Computación de Alto Desempeño, ya que está diseñado para aumentar la potencia consumida por el CCAD a 500 KW, lo que permitirá alojar un equipo TOP500 dentro de la UNC.

Eulogia a pleno

"Calculo que solo en la UNC necesitamos al menos 10 veces la potencia de cálculo que actualmente tenemos." nos dijo hace un par de años el experimentado Antonio Russo.

Una muestra más de esto se produjo ayer, martes 20 de marzo, cuando decidimos abrir Eulogia a todos los usuarios del CCAD. Con sus 12 procesadores XeonPhi 7210 en 3 unidades de 2U, erogando una potencia de cálculo similar a toda Mendieta, Eulogia tardó exactamente un día en llenarse.

En este momento los 44 Xeon 2680{v1,v2} de Mendieta y los 12 XeonPhi 7210 de Eulogia están calculando a pleno.

Desde el CCAD-UNC, seguiremos trabajando para ampliar la capacidad de cálculo disponible para los investigadores y la sociedad.

Artículo publicado Science usando Mendieta

El 16 de marzo se publicó el artículo "Real-time imaging of adatom-promoted graphene growth on nickel", escrito por un equipo integrado por los doctores Marcelo Mariscal y Germán Soldano de la FCQ-UNC. Las particularidades de este artículo son dos. Primero es que fue publicado por Science, una de la mejores revistas científicas del mundo y lo segundo es que el 100% de las simulaciones se corrieron en Mendieta, uno de los clusters del CCAD-UNC.

El software que permitió simular los materiales fue LAMMPS y Quantum ESPRESSO y los investigadores estiman un uso de 38000 horas/core, es decir si tuvieramos una sola máquina de un núcleo se hubieran necesitado más de 4 años de corrida. Gracias a que LAMMPS y Quantum ESPRESSO premiten utilizar 100 o más núcleos de Mendieta (de un total de 424), los tiempos se ven reducidos a menos de un mes.

Felicitamos a Marcelo y Germán, y seguimos adelante ofreciendo más recursos computacionales para hacer ciencia y tecnología de calidad en Argentina.

Más notas: FCQ, La Voz del Interior, UNCiencia, CONICET.