Marcos Mazzini, nuevo CPA en el CCAD

A partir del jueves pasado, el barilochense Marcos Mazzini, se suma al equipo del CCAD.

Marcos pertence a la Carrera de Personal de Apoyo (CPA) de CONICET y hasta que decidieron con su familia mudarse a las sierras cordobesas, Marcos trabajaba en el INIFTA-UNLP y mantenía el cluster de la Unidad de Cálculo en Física y Química Teórica.

Con Marcos, el CCAD vuelve a tener 3 CPA (dos de los cuales son oriundos de Bariloche) para mantener toda la infraestructura, luego de la vuelta de Antonio Russo a Francia en Agosto pasado.

Esperemos colmar las expectativas de trabajo de Marcos y poder ofrecerle posibilidades de crecimiento y capacitación.

Nuevo becario Bec.Ar del CFAS en EDF

Gustavo Krause del IDIT-CONICET en Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales de la UNC ya está en París realizando una beca más del programa Bec.Ar gestionada por el CFAS en la persona de Antonio Russo.

En la estadía consiste en una primera etapa de introducción al Code_Saturne a nivel de usuario y de implementación de utilidades particulares y una segunda etapa a nivel de desarrollador donde se busca implementar y verificar el acoplamiento interno de un campo vectorial con un dominio externo para la simulación de fenómenos de interacción.

La estadía se extiende desde el 16 de octubre hasta el 16 de febrero en la sede de EDF en la Île de Chatou, Francia.

Nodo temático de Machine Learning con GPU

Luego de dos reuniones con diferentes sectores de la academia y de la industria, el CCAD empieza a consolidar la formación de un Nodo Temático en Machine Learning utilizando tecnología GPU.

Este Nodo Temático dentro del CCAD pretende lograr una sinergia entre los sectores académicos y empresarios interesados en la tecnología de Machine Learning (ML) a fin de potenciar el área. Se eligió como plataforma de cómputo a la GPU dada la experiencia del CCAD y la eficiencia que estas tienen ejecutando este tipo de cómputo.

Los objetivos concretos a corto plazo son:

  • Tener una Plataforma de Cómputo para ML a fin de ser usada de manera libre entre los actores de la academia y la industria que quieran formar parte del Nodo Temático.
  • Crear una Diplomatura en ML dentro de FaMAF para ofrecer formación específica y acotada en el tiempo.

La plataforma de cómputo consistirá en la reconversión de 2 nodos de Mendieta Segunda Etapa, los cuales serán mejoradas con la incorporación de 8 tarjetas NVIDIA GeFORCE GTX 1080 Ti y 512 GiB de memoria RAM, a fin de sumar 80 TFLOPS pico en simple precisión, específicos para ML.

El primer paso ya fue dado con la donación al CCAD de una placa GTX 1080 Ti por parte de la empresa cordobesa Bitlogic.io.
Agradecemos el apoyo y la confianza y esperamos poder reunir rápidamente el resto de las GPUs y la memoria RAM.

Usuario de CCAD corriendo en Stampede2

Paolo Sebastianelli es usuario de Mendieta en el CCAD y nos cuenta su experiencia corriendo su código en la máquina estrella del TACC, Stampede2, la #12 del TOP500.

 

CCAD: Hola Paolo, comentanos cual es tu trabajo de investigación y donde lo estuviste realizando en el último año.
PS: Hola Nicolás.
Mi trabajo de investigación se enmarca dentro de un proyecto más amplio que se desarrolla en el Grupo de Física de la Atmósfera del FaMAF con el cual estoy trabajando desde el 2012. Soy docente de la Universidad Nacional de la Pampa (UNLPAM), donde vivo con mi familia. Por esta razón, mi trabajo de tesis, a partir del 2014, se desarrolla a distancia con todo lo que eso conlleva. Se trata de investigar con Density Functional Theory (DFT) algunos aspectos de los procesos de conversión gas-to-particle que inician la formación de clusters moleculares de pre-nucleación de nuevas partículas atmosféricas.

CCAD: ¿Desde cuando sos usuario de HPC y desde cuando usás el Cluster Mendieta?
PS: Soy usuario HPC desde el 2015, cuando, justamente, empecé a utilizar Mendieta. Las dimensiones de los sistemas moleculares que estudio y los métodos que he elegido para la caracterización de los mismos requieren una potencia computacional que no puede ser alcanzada por computadoras comunes ni por workstations individuales.

CCAD: ¿Qué código corrés? ¿Qué características numéricas tiene?
PS: En la medida de lo posible elijo códigos abiertos. Actualmente he optado por utilizar GAMESS del Gordon Research Group, Iowa State University.
Los cálculos que realizo están basados en la teoría DFT. Con las simulaciones obtengo optimizaciones de geometrías moleculares y hago estimación de frecuencias vibracionales, con el objetivo de estudiar la termoquímica de sistemas moleculares presentes en la atmósfera. La implementación del código en la mayoría de las simulaciones no requiere mucha memoria, habitualmente no se llega a 1 GiB de RAM. Las corridas que potencialmente utilizan más memoria son los cálculos de frecuencia con métodos RHF (Hartree-Fock) o los tipos en MP2 (Møller–Plesset pertubation theory). Particularmente, uso GAMESS como código numéricamente más que memoria intensivo.

CCAD: ¿Cómo surgió la posibilidad de correr en Stampede2, la #12 del mundo?
PS: La posibilidad de acceder en Stampede2 fue gracias a Antonio Russo, uno de los técnicos del CCAD, que conociendo algunos aspectos del desarrollo de mi doctorado a distancia me propuso contactar al TACC y reforzar la potencia computacional a mi disposición. Entonces, presenté mi curriculum y mi propuesta de trabajo, pasé la fase de evaluación y acá estamos, aprovechando la oportunidad.

CCAD: Aunque sabemos que hay varios órdenes de magnitud de diferencia, nos gustaría saber cual es la diferencia entre correr en Stampede2 y correr en Mendieta u otro cluster que hayas usado.
PS: El código GAMESS está en constante desarrollo y los diferentes grupos de investigación lo modifican según las necesidades. En los nodos de Stampede2 (Intel Xeon Phi 7250 de arquitectura Knights Landing – KNL) se está estudiando la performance para optimizar las simulaciones. Hasta ahora he podido utilizar el código con las mismas prestaciones que tuve en Mendieta, pero con la mitad de nodos. Una gran diferencia es el tiempo de espera en la cola de cálculos, ¡El tiempo de espera es 0! Usualmente en Mendieta para lanzar mi corrida típica en 80 núcleos o sea 4 nodos, tenía que esperar dos o tres días ya que el cluster tiene utilización plena, en Stampede2, solo encolo el job de 2 nodos y ya.
El próximo paso de mi trabajo de tesis será aumentar todavía más las dimensiones de los sistemas moleculares que estoy estudiando, en ese momento tendré más información para poder comparar. Además Stampede2 será equipado adicionalmente con procesadores Skylake, asi que tendremos más material para poder charlar.
Algo relacionado es que en Mendieta, por los tiempos de cola, resultaba difícil que entren trabajos más grandes, en Stampede2 puedo escalar todo lo que mi investigación necesite.

CCAD: ¿Cómo ves la importancia de adquirir equipamiento de gran porte como el que usaste en el TACC?
PS: No creo decir nada nuevo si afirmo que hoy en día, con los ritmos de trabajo que estamos invitados a mantener, es necesario contar con equipamiento que permita lograr los objetivos en tiempos relativamente cortos. Tiempos de cálculo cortos junto con buena calidad de la producción científica, son los parámetros esenciales en este ámbito. A igual cantidad de trabajo, un equipamiento de gran porte permite las dos cosas: se pueden producir resultados en menor tiempo y además garantizar que esos resultados hayan sido corroborados bajo diferentes métodos de estudio, aumentando el nivel de confiabilidad en los mismos.

CCAD: Si querés agregar algo, bienvenido y desde ya muchas gracias por tu tiempo.
PS: Me gustaría agradecer el equipo que se ocupa del CCAD de la UNC, formado por personas muy amables como Nicolás Wolovick y Carlos Bederián, y también aquellas personas que me han iniciado al análisis DFT, en las personas de Ezequiel Leiva, Patricia Paredes, Patricio Velez, Cristián G. Sánchez y todos los otros colegas que trabajan en este contexto. Un agradecimiento particular a todo el Grupo de Física del Atmósfera, a Eldo Ávila y a mi Director de tesis Rodolfo Pereyra.

Cursos HPC en CIMEC: SPH, CUDA, Code-Saturne

Desde el 30 de Octubre al 3 de Noviembre en el predio CONICET "Dr Alberto Cassano" en Santa Fé Capital, se darán 3 cursos de HPC en el marco de RED CYTED 516RT0512 COMPUTACIÓN DE ALTO DESEMPEÑO EN INGENIERÍA.

Los cursos ofrecidos son:

  • SPH por Jaime Klapp (CINVESTAV, Méjico)
  • CUDA por Pablo Ezzatti y Martín Pedemonte (INCO, UdelaR, Uruguay)
  • Code-Saturne por Luciano Garelli y Mario Storti (CIMEC, Argentina)

Para más información dirigirse a la web del evento.

¡Llegaron 10 TFLOPS!

Llegó al CCAD el reemplazo de la Supercomputadora Cristina que ha sido desactivada a mediados de este año. El equipo encierra en un chasis rackeable de 2U, 4 * (Xeon Phi 7210 + 16 GiB MCDRAM + 96 GiB DDR4-2400 RAM) montados sobre placas madre Intel S7200AP, las mismas que se utilizan en Stampede2 del TACC.

El cuadro comparativo del reemplazo muestra los 10 años de avances de la microelecrónica entre 2007 y 2017. Resulta notable que la computadora nueva es 28 veces más eficiente en el uso de la energía.

Computadora RPeak Espacio Consumo
Cristina 5.44 TFLOPS 68U ~20000 W
4 * XeonPhi 7210 10.64 TFLOPS 2U ~1400 W
Mejora ~2x ~34x ~14x

Estos 4 nodos son solo el inicio de una nueva etapa de crecimiento del CCAD. Se espera la llegada de 8 nodos más antes de fin de año para totalizar 31 TFLOPS de potencia de cálculo pico.

Los fondos fueron suministrados por el Rectorado luego que los técnicos del CCAD encabezados por Antonio Russo mostraran a las autoridades que en el término de un año, el equipo se amortizaba solo gracias a la reducción de consumo energético.

Este es un claro ejemplo que en materia de Supercomputación se debe tener un plan sostenido de inversión en equipamiento (como el que propone CFAS) para aprovechar la mayor potencia de cálculo a un menor consumo energético. Se estima que la vida útil de un equipo de supercómputo está entre 5 y 7 años.

Estudiante de Cs. de la Computación a Supercomputing 2017

Supercomputing 2017 (SC17, Denver, EEUU), es la conferencia más importante del mundo en la temática de Computación de Alto Desempeño (HPC).

Esta conferencia implementa el Programa de HPC para Estudiantes, a fin de ayudar a los estudiantes de Ciencias de la Computación con interés en HPC a conocer los más altos esándares mundiales y las posibilidades de trabajo y estudio que tienen, asi como para delinear su área específica de trabajo futuro. Los estudiantes seleccionados reciben una beca completa que incluye transportes, alojamientos y costo de la conferencia.

Mauricio Guignard, estudiante de cuarto año de la Licenciatura en Ciencias de la Computación de FaMAF, ha sido seleccionado para este importante programa donde solo 34 estudiantes del mundo participan este año.
Mauricio se formó en el Grupo de GPGPU Computing de FaMAF y recientemente participó como becario en un proyecto conjunto FaMAF-IBM que ya tiene un trabajo científico aceptado en una conferencia internacional.

Esta experiencia transformadora, generará beneficios en la comunidad Argentina de HPC a mediano y largo plazo.

Técnicos de Cadena 3 visitaron Mendieta

Alejandro Settembrino, Coordinador Técnico de Radiodifusora del Centro S.A. junto al técnico Cristian Maldonado visitaron el datacenter de la UNC donde está situada la supercomputadora Mendieta.

En la visita, el Dr. Fernando Menzaque de la PSI-UNC y el Analista Darío Graña del CCAD-UNC, mostraron a los técnicos de Cadena 3 las instalaciones del centro de datos de nuestra casa de estudios, a fin de intercambiar experiencias respecto a infraestructura edilicia, eléctrica, térmica, de red y racks. Todo esto en vista a la construcción de un nuevo datacenter por parte de la radiodifusora en el edificio de calle Alvear, donde Settembrino y Maldonado  forman parte del equipo que está llevando adelante esta iniciativa.

Charla introductoria de code_aster en UTN-FRC

El día martes 13 de junio en la UTN Facultad Regional Córdoba se dará una charla libre introductoria sobre Code Aster, el software libre de análisis de elementos finitos y simulación numérica en mecánica estructural y multifísica, liberado por EDF en 2001.
La charla será en la Sala Multimedia del Departamento de Ingeniería Mecánica Edificio Maders – Planta Baja – UTN Regional Córdoba a las 18:15hs.

El poster y las filminas con el material introductorio ya están disponibles.

Para mayor información contactarse con scopeingenieria@gmail.com.

Esta charla será el preludio de un curso de 25 horas, que consta de 10 clases de 2,5 horas cada una que se dictarán una vez a la semana a las 19hs en la Universidad Técnica Nacional Facultad Regional Córdoba, y empezara a mediados del mes de Agosto.