Jul 12 2019

Adjudicación Período de Uso Exclusivo CCAD, invierno 2019

Se adjudicó un nuevo periodo de uso exclusivo de los recursos del CCAD.
En esta ocasión se decidió priorizar el uso de todos los recursos disponibles la mayor cantidad de tiempo. Es por eso que:

  • Se extendió el periodo de invierno a 1 mes.
  • Se va a utilizar toda Mendieta Fase 2 y toda Eulogia.
  • Se priorizaron los pedidos que hicieran uso extendido en el tiempo de muchos nodos, para así atacar problemas que usualmente tardan mucho en entrar durante los períodos de uso compartido.
  • Se definió una política de preemption respecto a los usuarios comunes, en vez de inhabilitarlos. Se podrá seguir ejecutando en tanto haya nodos disponibles, pero serán desplazados cuando los usuarios exclusivos quieran ejecutar (en breve se publicará una experiencia con esta política).

El objetivo planteado es claro, producir resultados relevantes con equipamiento que cada año resulta menos competitivo a nivel mundial. Confiamos en que esta es la manera de aprovechar mejor nuestros escasos recursos.

Actualización 20190903

Hicimos un pedido de devolución a las/los usuarios, y con su consentimiento, las publicamos a continuación. Creemos que resultan valiosos para comprender el ciclo de modelización computacional y uso de recursos de computación de alto desempeño en las ciencias básicas.

Fabio Ribeiro:
«Para mi anduvo todo bien, todo lo que yo quería calcular lo calculé, ahora estoy juntando los resultados y escribiendo. La única limitación que veo (y que pasó con 1 cálculo solamente) es de disco rígido. A veces necesito salvar en mi home los archivos temporarios de Quantum Espresso, por un tiempo (1, 2 semanas). Si el sistema es grande, esos archivos pueden fácilmente pasar de 100GB, y se tengo muchos cálculos, tengo que hacer de a uno cada vez. Hago uno, analizo, termino en 1-2 semanas, limpio todo, y hago el próximo. No puedo correr todos en un intervalo corto de tiempo. Pero este tipo de sistema no es frecuente, entonces no importa mucho.»
Alexis Paz:
«El uso exclusivo fue fundamental para mi investigación. Por supuesto que obtuve resultados, aunque no fueron lo esperado.

En general, para lo que hago yo (cálculo de superficies de energía libre en proteínas), uno tiene que concebir un modelo mental de como funciona la proteína y utilizar 1 o 2 grados de libertad que capturen ese modelo. Luego la simulación se acelera usando esos grados de libertad y se colecta el comportamiento del sistema sobre ellos. Si se comportan como se espera, entonces el modelo esta bien, y se comprueba que la proteína funciona como se pensó. Sin embargo, si se obtienen resultados diferentes, es probable que el modelo no sea el adecuado, y la proteína en realidad funcione diferente. Entonces hay que volver a pensar o corregir el modelo, proponer otros grados de libertad que capturen su esencia, acelerarlos y evaluar los resultados. En resumen es necesario muchas simulaciones que mediante prueba y error nos permitan de apoco entender como funciona la proteína. El uso exclusivo me permitió explorar muchas variables y reconstruir muchas superficies de energía potencial y empezar a considerar que la proteína tiene un mecanismo diferente del que inicialmente concebimos.

Con toda la información colectada en ese periodo estamos trabajando para darle una explicación y decidir que nuevas simulaciones largar para lograr capturar el mecanismo de funcionamiento de esta proteína (la proteína BAX, que inicia el proceso de muerte celular programada).
De haber tenido que largar esto en 1 nodo, tendría que esperar 20 días para poder ver los resultados de 1 o 2 grados de libertad, y luego analizar y proponer otros … meses … en cambio fue todo mucho mas fácil, ya que al poder largar en 6 o 7 nodos los 20 días se hacen 3 y así el trabajo científico de modelar y pensar en el sistema se hace mas dinámico, pudiendo probar muchas mas cosas en poco tiempo.
Por otro lado, ensaye una simulación de réplicas paralelas, pero quedo muy justa para Eulogia. Usando los 14 nodos, alcanzaba una aceleración cuestionable en los modos de libertad del sistema (lo que es el objetivo de esta técnica). Hubiera necesitado mas de 30 nodos para que la aceleración sea importante. Pero esto es una limitación del sistema y del método de simulación. Es decir, ya cuando se vuelve tan caro, mejor dejar la fuerza bruta y volver a trabajar como mencione más arriba. Así que opte por concentrarme en eso, que es igual o mas importante.»
Marcelo Puiatti:
«Lamentablemente por superposición del tiempo asignado con el Workshop en Programación y la tardía comunicación de los resultados, la tesista que lleva adelante el proyecto no puede realizar las simulaciones. Aclaro que al momento de realizar el pedido, no teníamos confirmada la participación de la Tesista en el Workshop y por eso no aclaré la situación en el pedido, error mio.
Nuestro proyecto tiene 2 etapas, realizamos la primer etapa, con archivos que teníamos preparados previamente, pero para la segunda etapa necesitamos dedicación full-time y no llegamos. Yo realicé unas pruebas en estos días, pero no pude resolver un problema que se presentó y no voy a poder utilizar el tiempo que resta. Entre la formación de la Tesista y el avance del proyecto, asignamos prioridad a la formación»
Dante Paz y Federico Stasyszyn:
«Nosotros realizamos varias simulaciones de la estructura de gran escala del Universo con un software que permite seguir la evolución de la materia oscura, de la componente bariónica, y modela algunos proceso astrofísicos, el mas importante la formación estelar (Federico forma parte del equipo de desarrollo de este soft). Realizamos una caja cosmológica de 500 mega parsecs de tamaño, y allí adentro identificamos la regiones conocidas como vacíos, o cosmic voids. En la estructura del Universo las galaxias se agrupan en altas concentraciones que se denominan cúmulos de galaxias, entre estos se forman puentes de materia que se conocen como filamentos. Los filamentos se alinean sobre planos que encierran regiones muy grandes que son los voids que estudiamos. Gracias a este uso exclusivo pudimos realizar varias re-simulaciones de alta resolución del interior de estos vacíos, seleccionados de la caja cosmológica a partir de una clasificación dinámica que desarrollamos acá. Esto nos esta permitiendo estudiar como es la formación estelar, la física de los bariones en ambientes extremos, ya que en el interior de los voids, el universo se expande a mayor taza que la ley de Hubble universal. Las simulaciones ya están siendo analizadas por Agustín Rodríguez, estudiante de la licenciatura en Astronomía, bajo la dirección de Federico Stasyszyn y Dante Paz.»