Headnode para Eulogia y Mulatona

Ya está funcionando en headnode de los Clusters del CCAD que se aprovisionan con Ansible.

La cabecera de Eulogia y Mulatona ahora es un Intel Xeon Silver 4108 de 8 núcleos y 24 GiB de RAM DDR4. Está montado sobre una placa Supermicro X11SPi-TF y el almacenamiento es un SSD Intel de 256 GiB conectado por PCIe 3.0 4x via conector M.2.

El software de base es CentOS 7.5 y se virtualizan dos servidores. Gracias a que Skylake Xeon provee de extensiones AVX-512, la cabecera para Eulogia se reporta como Skylake para usar el AVX-512 que comparte con los Xeon Phi 7210. La cabecera para Mulatona se reporta como Broadwell para producir código compatible con los Xeon E5-2683v4. Destacamos que es una solución de software muy particular para distribuir el costo de la cabecera en dos clusters.

Gracias a este pequeño server se pudo liberar un nodo de Eulogia y uno de Mulatona. Eso implica un aumento de la capacidad de cómputo de aproximadamente 10% respecto a como se estaba utilizando y permite utilizar a pleno los 12 nodos de Eulogia y los 7 de Mulatona.

Mulatona el nuevo cluster del IATE en CCAD

Ya está disponible para su uso el Cluster Mulatona que pertenece al IATE y es la primera experiencia en alojar un cluster en el CCAD con usufructo de ambas partes.

El IATE adquirió, a través de un subsidio PICT-E dirigido por el Dr. Mario Abadi, 7 nodos de cómputo pelados, sin almacenamiento, sin conectividad, sin rack, sin refrigeración. Todo lo necesario para poner a funcionar los 14 procesadores Intel Xeon E5-2683v4 en los 7 módulos de 1U fue provisto por el CCAD y esto incluye la infraestructura que da el Data Center de la PSI, 7 placas Infiniband, sus cables, switch y headnode, además del servidor de almacenamiento con capacidad de 40 TiB.

La política de uso convenida implica prioridad a los trabajos del IATE, y el tiempo libre de los nodos estarán disponibles para los usuarios del CCAD-UNC.

Desde el CCAD apostamos a esta forma colaborativa a fin de maximizar el uso de los exiguos fondos con los que actualmente dispone el Sistema de Ciencia y Tecnología de Argentina.

Nabucodonosor en UNC Comunica

En el programa "UNC Comunica" de Canal U el periodista Gino Maffini estuvo indagando sobre la Computadora Nabuconodosor para Aprendizaje Automático, con entrevistas a Nahuel Di Paolo el Vicepresidente del Córdoba Technology Cluster; Alejandro Gustowsky, técnico del Área de Electrónica de FaMAF y a Nicolás Wolovick, miembro del CCAD-UNC.

Clip del video

[Video completo en alta calidad]

Inauguración del UNC Data Center

El pasado 6 de junio, se inauguraron cuatro obras importantes en Ciudad Universitara con motivo del Centenario de la Reforma Universitaria. En este acto estuvieron importantes autoridades como el Gobernador de la Provincia de Córdoba Juan Schiaretti y la Secretaria de Políticas Universitarias de la Nación Danya Tavella.

Uno de las obras inauguradas fue el UNC Data Center, que ya cuenta con el fin de obra en la parte civil, y cuando esté completado en su equipamiento interno proveerá de espacio y condiciones necesarias para alojar supercomputadoras de gran porte.

El Director del CCAD, Oscar Reula, se refirió a la importancia de la obra.

Mientras que el Rector de la UNC, Hugo Juri, invitó a su par el Gobernador de Córdoba a aunar esfuerzos para obtener una computadora importante para la UNC y la Provincia.

[Actualización julio 2018]

Vista 360 grados del UNC Data Center por dentro. La obra de infraestructura ya se encuentra licitada y se estima que se completará durante este año.

[Actualización diciembre 2018]

Ya se está colocando el piso técnico y las aberturas.

Llamado a IPAC 3

Se encuentra abierta la convocatoria IPAC del Sistema Nacional de Computación de Alto Desempeño (SNCAD) que otorgará:

  •  Tres (3) Proyectos de Avances Decisivos con Supercómputo (PADS), de 1.000.000 de horas de CPU cada uno en TUPAC, la computadora de alto desempeño del Centro de Simulación Computacional para Aplicaciones Tecnológicas (CSC-CONICET, http://www.csc-conicet.gob.ar).
  • Un mínimo de seis (6) Proyectos De Cálculo (PDC), de entre 300.000 y 500.000 horas de CPU cada uno en los centros del SNCAD. Los PDC otorgados se distribuirán entre los diferentes centros integrales adheridos en base a los requerimientos técnicos de cada proyecto y a la disponibilidad de horas de cómputo de cada centro.

Los proyectos deberán utilizar las horas otorgadas en el plazo de un año a contar desde la fecha de adjudicación del proyecto mediante el acto administrativo correspondiente.

Las especificaciones de los centros integrales adheridos al SNCAD se encuentran disponibles en: http://www.supercalculo.mincyt.gob.ar/mapa.php.

Todas las presentaciones deberán hacerse en formato PDF. Para poder presentar un proyecto se requiere estar registrado como usuario en el Sistema de Gestión de Turnos (http://sistemasnacionales.mincyt.gob.ar/gestion_turnos.php). Por consultas sobre cómo registrarse se puede consultar la Guía adjunta.

Para más información: Bases IPAC 3, Guia IPAC 3.

Fecha límite: 8 de junio de 2018 a las 16 horas

Por consultas escribir a: sncad@mincyt.gob.ar

Entrevista a Diego Masone, usuario IPAC2

En 3 de octubre del año pasado la Iniciativa de Proyectos Acelerados de Cálculo (IPAC) del SNCAD asignó al Dr. Diego Masone (IHEM-CONICET) un PDC para el proyecto "El complejo asimétrico HSPB6/14-3-3: hacia el diseño in silico de drogas". Este PDC fue localizado en el CCAD-UNC dentro del Cluster Mendieta.
Diego ha utilizado un total de 719564 horas/core hasta ahora, que si lo normalizamos con el SMT-4 que utilizan los KNC, tenemos un valor un poco más realista de 179891 horas/core.

CCAD: Hola Diego. Contanos como y con quién te formaste, y en que estás trabajando ahora.

Soy Ingeniero Electrónico de la Universidad Nacional de Mar del Plata, cuando me recibí tuve una beca Erasmus Mundus de la Comunidad Europea por dos años  y estudié Telecomunicaciones en el Politecnico di Torino en Italia y en la Universitat Politecnica de Catalunya en Barcelona. El doctorado lo hice en el Centro Nacional de Supercomputación de Barcelona (BSC) que en ese momento tenía la octava supercomputadora más grande del mundo. Tuve la suerte de trabajar en un lugar de excelencia, en un grupo que dirigía un científico de primera línea, el Dr. Victor Guallar, que fue mi director de tesis.

En 2012 volví a Argentina repatriado con mi esposa y mis hijas catalanas. Ahora trabajo en el IHEM de la UNCuyo, en Mendoza, en un grupo que dirige otro científico excelente, el Dr. Diego Bustos, con quien tenemos muy buenos proyectos que combinan los mundos experimental y computacional en el Laboratorio de Integración de Señales Celulares.

CCAD: ¿Podrás dar una idea general de que estás buscando a con este IPAC-PDC?

 

Estoy estudiando un complejo proteína-proteína muy particular. Se trata de una asociación asimétrica entre dos proteínas (14-3-3σ y HSPB6) que sabemos es responsable de la replicación del ADN y transformación celular maligna. Este complejo de proteínas contiene una región desordenada que no toma una estructura tridimensional determinada y por lo tanto es muy difícil de estudiar por métodos experimentales. Por ello, por medio de simulaciones computacionales buscamos poder entender cómo estas dos proteínas se asocian y de esta forma convertirlas en un nuevo blanco para el diseño de drogas.

CCAD: ¿Qué software usás?
Uso GROMACS que paraleliza muy bien en GPU y corre magníficamente en XeonPhi desde la versión 5.0.7 (octubre 2015). Utilizamos también PLUMED, un plug-in excepcional que se compila sobre GROMACS y que permite implementar funciones más complejas en las simulaciones de dinámica molecular que hacemos.

CCAD: ¿Cómo fue tu experiencia respecto al uso del Cluster Medieta?
¡Excelente! Tuve toda la ayuda que necesité para compilar el código, siempre me respondieron los correos y me indicaron cómo solucionar los problemas iniciales de instalación con las librerías y los módulos. Mayormente utilizo los XeonPhi que corren muy bien y eventualmente alguna GPU. No uso CPU porque el rendimiento en tiempo de simulación por día y por procesador es muy bajo en comparación.

CCAD: Según ví estás corriendo en las XeonPhi KNC (tarjetas aceleradoras) que tienen los nodos de Mendieta. ¿Qué notás de diferencia entre los CPUs comunes y estas many-integrated-core de Intel y las GPUs de NVIDIA?
Las pruebas de rendimiento que hice con un sistema de unos 90.000 átomos me dan 1.44ns/día en 1 GPU, 2.82ns/día en 2 GPU y 1.56ns/día en una XeonPhi. En cambio con 8 cores CPU rinde menos de 0.5ns/día. Por eso uso las tarjetas XeonPhi y las GPU. Pienso que la elección del CCAD de instalar tarjetas XeonPhi y GPUs es muy acertada. Para el caso de GROMACS pienso que es obsoleto correrlo en CPU, sus desarrolladores han invertido muchísimo esfuerzo en optimizarlo para GPU.

CCAD: ¿Probaste en Eulogia y sus KNL?
Sí, por ahora sólo hice pruebas de rendimiento. Pienso que han hecho muy bien en instalar una máquina exclusivamente basada en la arquitectura XeonPhi. Sería magnífico poder escalar en múltiples XeonPhi como en GPU, si la comunicación entre las tarjetas es suficientemente rápida.

CCAD: ¿Ya tenés resultados concretos del uso de las máquinas del CCAD?
Sí, tenemos resultados preliminares que se van a convertir en otro artículo en breve. Nuestro paper más reciente desarrolló la base para el estudio de las interacciones entre proteínas y biomembranas, puede verse en este enlace y lleva en los agradecimientos la mención al CCAD.
Tenemos un colaborador en Moscú que se ocupa de la parte experimental de las proteínas (hace cristalografia de rayos X y SAXS) que nos ha provisto de información todavía en "embargo", es decir, que se ha publicado pero sólo quien la publicó tienen acceso a las estructuras.

CCAD: Pensando un poco en el futuro ¿Qué harías con una máquina más grande, mucho más grande?
Yo opino que la supercomputación va a abarcar cada vez más disciplinas científicas y que con máquinas cada vez más potentes vamos a poder resolver cada vez más problemas. En 2002 se publicó el libro “A New Kind of Science” de Stephen Wolfram (un genio que se Doctoró en Física de Partículas a los 20 años, en CALTECH, con un tribunal de tesis que incluía nada menos que a Richard Feynman). Stephen Wolfram además de ser el creador del software Mathematica, tuvo la capacidad de ver, hace más de 25 años, que los problemas de la física y la biología podían resolverse muy adecuadamente por medios computacionales y que las simulaciones numéricas eventualmente abarcarían muchas áreas del conocimiento. No es casualidad que los países más avanzados tengan también las supercomputadoras más grandes.

CCAD: Si querés agregar algo mas, adelante.
¡Sólo agradecer! Me han tratado muy bien en el CCAD y me han ayudado siempre que me ha hecho falta.

CCAD: Diego, muchas gracias por tu tiempo.
Gracias a ustedes.

CCAD en “Ciudad U”

El miércoles 25 de abril a las 14:40, el Director del CCAD, Oscar Reula y el representante por FaMAF en el CCAD, Nicolás Wolovick, estuvieron en vivo en el programa "Ciudad U" que se emite por la señal Canal U de los Servicios de Radio y Televisión de la Universidad Nacional de Córdoba.

Durante 10 minutos Miguel Planells y Fernanda Gonzalez, estuvieron hablando con los representantes del CCAD-UNC sobre la computadora para ML, Nabuconodosor, además de los servicios que brinda nuestro Centro y cuales son las perspectivas de crecimiento.

Agradecemos al canal universitario por la invitación que nos permite difundir el trabajo que realizamos.

Concurso para mural sobre el UNC Datacenter

El Departamento Académico de Artes Visuales de la Facultad de Artes en convenio con la Subsecretaría de Planeamiento Físico de la UNC, convocan a alumnos y egresados de toda la UNC de los últimos 7 años a presentar propuestas para el Concurso mural "La Reforma Universitaria: Una mirada al futuro".

El mural se realizará en las paredes laterales del UNC Datacenter que se está construyendo en lo que se conocía como "El Bosquecito".

Las bases y condiciones, asi como el plano de ubicacion y las dimensiones del muro, ya se encuentran disponibles.

La convocatoria cierra el lunes 7 de mayo.

 

Seminario “Conociendo a Eulogia”

El 21 de marzo pasado Eulogia pasó de estado $\beta$ a producción, y desde ese entonces sigue en utilización plena.

Para comentar los aspectos técnicos de la nueva arquitectura utilizada en los nodos, el Lic. Carlos Bederián, Secretario Técnico del CCAD-UNC, dará el seminario "Conociendo a Eulogia".

En este seminario se hablará de los aspectos sobresalientes de este cluster y su arquitectura KNL, que resulta diferente a lo que se ha venido utilizando en el CCAD, es decir CPUs y GPUs. Se repasará su diseño interno de 64 núcleos en 32 grupos de 2 cores, su SMT-4, su caché MCDRAM de 16 GB, y sus unidades vectoriales anchas de 512 bits. También se discutirá como compilar y ejecutar para optimizar el uso de esta arquitectura.

La entrada es libre y la charla se realizará en la Oficina de Vinculación Tecnológica de la FaMAF, el día miércoles 25 de abril a las 14hs.

[Actualización]

Al seminario de 2 hs de duración asistieron alrededor de 30 personas.

Los slides de la presentación.

Introducción a la línea de comandos BASH – Linux

El CPA del CCAD-UNC, el Lic. Marcos Mazzini dará un curso "Introducción a la línea de comandos BASH – Linux" para quienes quieran una introducción a la Command Line Interface de Linux, la puerta de entrada a nuestros Clusters de Alto Desempeño.

El formulario de inscripción ya está disponible.

Módulo 1: Jueves 26/04 – 10hs.

Duración: 1 hora
En este módulo esta orientado a quines tuvieron poco o ningún contacto con la línea de comandos. Se presentarán los conceptos básicos para familiarizar a los usuarios con el entorno.
El temario incluye:

  •  concepto de terminal
  •  el prompt
  •  el comando, argumentos
  •  comandos básicos
  •  el history
  •  como obtener ayuda
  •  usuarios y permisos
  •  acceso remoto con ssh y mecanismo de clave pública/privada

Módulo 2: Jueves 3/05 – 10hs.

Duración: 2 horas
Está módulo está orientado a quienes ya tuvieron un contacto con la línea de comandos y requieren utilizarla cotidianamente.
Se verán los siguientes temas:

  •   el path, las variables de entorno y los modulos
  •   personalización con .bashrc
  •   los procesos
  •   redireccion de E/S "<", ">" y pipes " | "
  •   ejecución en segundo plano (no interactiva)
  •   comandos útiles y trucos comunes

[Actualización]

Hubo un total de 85 inscriptos de los cuales asistieron alrededor de 40 a la primera clase.

Slides Clase 1

Slides Clase 2