Dirac, el nuevo cluster del DF@UBA

Hace menos de un mes Roberto Dhios, el SysAdmin del Departamento de Física de la Universidad de Buenos Aires (DF@UBA), nos contaba que el nuevo cluster Dirac estaba completamente operativo luego de un proceso de instalación que empezó aproximadamente en junio de este año.

El equipo son 30 Dell Poweredge R720xd recibidos como donación. Los nodos se dividen en:

  • 19 nodos de cálculo con dos Intel Xeon E5-2670v1 con 64 GiB de RAM.
  • 6 nodos de cálculo con las mismas pastillas, pero el doble de memoria: 128 GiB de RAM.
  • 4 nodos de almacenamiento con 2*E5-2670v1 y 64 GiB de RAM, para mantener un /scratch de 149 TiB.
  • 1 headnode también con 2*E5-2670v1 y 64 GiB de RAM manteniendo el /home de 30 TiB.

El conjuto totaliza 400 núcleos de cálculo y una potencia pico teórica de 8.32 TFLOPS, a razón de 166.4 GFLOPS por pastilla E5-2670v1.
El equipo ya está incorporado al Monitor de Clusters Argentinos que el CCAD-UNC mantiene.

Respecto al software es OpenHPC 1.3.5 (CentOS 7) con SLURM y BeeGFS para el scratch.

Resultados IPAC 3

El pasado 20 de septiembre se conoció el resultado del tercer llamado a los IPAC.

Los proyectos PADS seleccionados que corren en TUPAC por 1.000.000 de hs/core fueron:

  • Fabio Busnengo, Simulación computacional de propiedades electrónicas y magnéticas, y reactivad de especies metálicas y organometálicas soportadas sobre superficies.
  • Cecilia Scannapieco, Acreción de gas y su impacto en la formación del disco galáctico.
  • Marta Ferraro, Simulaciones computacionales de conexinas en membrana: identificación de blancos moleculares.

Para los proyectos PDC de hasta 500.000 hs/core los seleccionados fueron:

  • Claudia Tomes, Dinámica del poro de fusión: una descripción in-silico-experimental para nuevas estrategias terapéuticas. Correrá en CAB-CNEA.
  • Oscar Reula, Electrodinámica force-free: Magnetosferas de Objetos Astrofísicos Compactos. Correrá en CIMEC-UNL.
  • María Laura Fernández, Simulación computacional de membranas biológicas expuestas a campos eléctricos. Estudio de los mecanismos moleculares que participan de la formación de poros transitorios durante el proceso de electroporación. Correrá en CCAD-UNR.
  • Claudio Cavasotto, Efectos de hidratación en la interacción proteína-ligando: simulaciones con métodos clásicos y cuánticos. Correrá en CCAD-UNC, en nuestra Mendieta.
  • Darío Mitnik, Cálculo de procesos colisionales con aplicación en el diagnóstico de plasmas astrofisicos y de fusión. Correrá en CCAD-UNR.
  • Sergio A. Elaskar, Simulaciones numéricas de explosiones y detonaciones. Correrá en CECAR-UBA.

Resolución e Informe

RS-2018-46637478-APN-SECACT-MECCYT

IF-2018-45075784-APN-DNPRF-MECCYT

“De 0 a CCAD en 90 minutos” y Reunión de Usuarios

El miércoles 3 de octubre de 9:00 a 18:00hs en el Aula 5 del Edificio del Campus PLM en la FCEyN (mapa), se realizará el Encuentro Anual de Usuarios y anteriormente tendremos cursos introductorios al uso de los equipos del CCAD.

El programa de actividades es el siguiente:
09:00-10:30 – "De 0 al CCAD en 90 minutos", por el Lic. Marcos Mazzini [Slides]
11:00-12:00 – "Bash: uso cotidiano y trucos", por el Lic. Marcos Mazzini [Slides]
14:00-18:00 – Reunión abierta de Usuarios de CCAD.

Cursos

Los dos cursos que se darán, tienen como objetivo que cualquier persona que tenga alguna necesidad de cómputo, pueda saber como utilizar los recursos del CCAD.

La introducción será desde cero, pensado en un usuario típico que corre en su máquina local con interactivdad gráfica.

Desde ahí el Lic. Mazzini lo llevará a logueo remoto, uso de colas, ejecución en equipamiento de gran porte y obtención de los resultados. El segundo curso será un día a día con el uso de la línea de comados, es también apto para quienes ya saben algo.

Reunión Abierta de Usuarios del CCAD

Luego del almuerzo, en la reunión de usuarios, se informará sobre el estado actual del CCAD, uso de equipos y nuevas
adquisiciones.

También diferentes usuarios presentarán en charlas cortas los usos y métodos que utilizan. La idea es compartir las
experiencias y trucos haciendo hincapié en las soluciones a problemas comunes en diferentes disciplinas.

Listado de charlas:

Milagro Teruel
Título: "Redes con Atención para PLN" [Slides]
Software: Keras/Tensorflow
Grupo: Grupo de Procesamiento del Lenguaje Natural, FAMAF

Carla Rosetti, Ubeiden Cifuente
Título: "Modelando membranas con gromacs, gaussian, sudor y lágrimas" [Slides]
Software: Gromacs, y Gaussian 09
Grupo: Grupo de biofísica del Departamento de Química Biológica, FCQ.

Nicolás Jares
Título: "Paralelización de búsqueda de rutas en grafos"
Software: C++, OpenMP
Grupo: GANyC, Grupo de Análisis Numérico y Computación, FAMAF

Carlos Mauricio Correa, Dante Paz
Título: "Paralelizando cadenas de Markov y una integral compleja para ajustar los parámetros de un modelo cosmológico" [Slides]
Software: Fortran 90, OpenMP
Grupo: IATE-OAC

Dario Graña, Dante Paz, Federico Stasyszyn
Título: "Gadget, aplicaciones y magias sobre el SMT" [Slides]
Software: MPI, OpenMP, FFTW
Grupo: IATE-OAC

Marcelo Puiatti
Título: "¿De dónde venimos? ¿Quiénes somos? ¿Adónde vamos? – Aplicaciones de QM en Qca. Orgánica con g09"
Software: Gaussian09
Grupo: Síntesis Orgánica Asistida por Modelado Molecular, INFIQC

Sergio Elaskar
Título: "Modelización numérica de problemas de flujos compresibles y plasmas astrofísicos en ingeniería aeronáutica y aeroespacial" [Slides]
Software: OpenFOAM
Grupo: Aeronáutica, FCEyN